اعتراضات ملاحده بر قرآن از سه قسم خارج نيست : 1 . در قرآن مجيد وقايع و قضايايى مذكور است كه بر خلاف قانون قدرت مىباشد ، از قبيل خرق عادت : مكالمات و گفتگوى جانوران ، تسبيح‌خوانى جبال ( كوهها ) و غيره . 2 . در قرآن مطالبى ديده مىشود كه مبتنى بر اوهام‌پرستى است ، مثل اثر جادو ، پيوستن شيطان به آدمى . 3 . بسيارى از مطالب قرآن با تحقيقات علمى مطابقت و هم‌آهنگى ندارد از قبيل فرورفتن آفتاب در چشمه ، آفريدن دنيا در شش روز ، تكوين يا پديد آمدن نطفه در بين سينه و پشت و غيره كه در سورهء كهف آيهء 85 و سوره اعراف آيهء 53 و سوره بقره آيهء 21 و سوره طارق آيهء 7 و 8 از آن سخن رفته است . در جواب اين اعتراضات پاسخ فرق مختلف متكلمين يكسان نيست : اشاعره وقوع اين واقعات را در قرآن مجيد ، مسلم مىدانند و به تفسير و تعبير آن مىپردازند . در قرآن راجع به حضرت عيسى مذكور است كه « وَ ما قَتَلُوهُ وَ ما صَلَبُوهُ وَ لكِنْ شُبِّهَ لَهُمْ . . . » يعنى عيسى مقتول و مصلوب نشد بلكه خدا ديگرى را به‌صورت او درآورد و مردم او را عيسى شناخته و به دارش آويختند . بر اين بيان اعتراضاتى چند وارد كرده‌اند : 1 . اگر صور اشخاص بنا شود به اين آسانى تغيير و تبديل پيدا كند ، نسبت به هيچ شخص نمىتوان اطمينان پيدا نمود كه او همان شخص است كه بوده يا شخص ديگر . 2 . اگر خدا مىخواست حضرت عيسى را حفظ كند مىتوانست همينطور حفظ كند ، ديگر چه احتياجى داشت كه يك بيگناهى را بدينسان به دار بياويزند . . . امام فخر رازى سعى كرده است به نحوى به اين اعتراضات پاسخ بدهد به عقيدهء ابن حزم حضرت عيسى مقتول و مصلوب نشد ليكن مخالفين ، مصلوب شدن او را شهرت دادند و لذا حقيقت امر بر عامه مشتبه شده و ندانستند اصل قضيّه چيست . . . » همچنين در قرآن مجيد آمده است كه حضرت ابراهيم ، كيفيت زنده كردن مردگان را از خدا پرسيده و خطاب آمده است كه آيا به اين امر يقين ندارى ؟ در جواب گفت چرا ، ليكن براى مزيد اطمينان مىخواهم آن را به من بنمايى ، آن وقت خدا اين دستور را به او داده است : قالَ فَخُذْ أَرْبَعَةً مِنَ الطَّيْرِ فَصُرْهُنَّ إِلَيْكَ ثُمَّ اجْعَلْ عَلى كُلِّ جَبَلٍ مِنْهُنَّ جُزْءاً ثُمَّ ادْعُهُنَّ يَأْتِينَكَ سَعْياً : خدا گفت چهار پرنده را بگير ، بعد ( گوشت ) آنها را خرد كرده به‌هم بياميز سپس بالاى هر كوهى يك حصهء آن را بگذار ، آن‌وقت آنها را بخوان همگى به طرف